نخستین نهادهای آموزشی در بطن نهادها و سازمان‌های مذهبی تکوین یافتند، اما به تدریج در پی افزایش و تنوع فعالیت‌های تولیدی و خدماتی و ارزیابی و پاسخگویی نهادها و موسسه‌های اجتماعی به شعبه‌ها و سازمان‌های تخصصی تجزیه شدند.
شکل‌گیری فضای کالبدی مدارس که به تبعیت از مساجد ( و چه بسا همراه با آن) به یکی از شکل‌های نهادی خود در روندی خاص، یعنی فضایی متقارن و چهار ایوانی رسید، شاهد دیگری بر این پیوند است. جایگاه مدارس در شهر نیز وضعیتی همانند مساجد داشت و مدارس معمولا در قلب شهر و حوالی مساجد و در طول بدنه بازار جای داشت. از نگاه دیگر، در بسیاری از موارد بین کارکردهای مدارس با مراکز مذهبی و مساجد تداخل و اشتراک وجود داشته است، چنان تداخل و اشتراکی که حتی قرن‌ها پس از تاسیس مدارس، مساجد بسیاری بوده‌اند که «آموزش» مهمترین کارکرد آنها پس از عبادت بوده است.
این اشتراک در روند تاریخی خود منجر به پیدایش تعداد زیادی مسجد- مدرسه (یا مدرسه- مسجد) شدکه به منظور پاسخگویی به دو عملکرد عبادی و آموزشی ساخته می‌شدند. نظام آموزشی سنتی در مدارس علمیه بیشتر به علوم‌قرآنی- فقهی و علوم انسانی می‌پرداخته و دیگر علوم مانند پزشکی، نجوم و... کمتر مورد توجه قرار می‌گرفت و به ندرت به آموزش علومی مانند هندسه، ریاضیات و... پرداخته می‌شد.
علوم دینی و آموزشی در مساجد و منازل علما تدریس می‌شد و معمولا آموزش پزشکی خارج از فضای مساجد و در محل‌های خاص صورت می‌گرفت. تا این که با دگرگونی جهان پس از انقلاب صنعتی در غرب، نظام آموزشی ما هم تحول یافت، اما در گذر روزگار نتوانست خود را با شتاب جهان پیرامون همراه سازد؛ توقف یا شاید عقبگردی که تا امروز ادامه دارد.
